ТАСС, 23 октября. Биоинформатики из России и Германии разработали не имеющую аналогов программу, которая позволяет сделать анализ геномных экспериментов гораздо дешевле - как минимум на несколько сотен тысяч рублей. Об этом сообщил сайт официального издания СО РАН "Наука в Сибири" со ссылкой на статью, которую опубликовал научный журнал Nucleic Acids Research.
Новый программный комплекс позволяет минимизировать количество дорогих генетических экспериментов ChIP-seq. С его помощью ученые исследуют транскрипцию, то есть процесс, в ходе которого белки считывают закодированную в ДНК информацию. В ходе транскрипции белки, которые регулируют этот процесс, "садятся" на определенные участки ДНК - мотивы. Чтобы понять, как именно действует тот или иной белок-регулятор, ученым нужно найти все его мотивы. Для этого и нужен эксперимент ChIP-seq.
Вместе с регуляторами на ход транскрипции влияют и другие белки, причем их взаимодействия зачастую и определяют работу всего мотива. Но для поиска каждого такого партнерского белка нужен отдельный ChIP-seq. Каждый такой эксперимент стоит несколько сотен тысяч рублей.
Чтобы решить эту проблему, ученые из Института цитологии и генетики (ИЦиГ) СО РАН, Новосибирского государственного университета и Университета им. Мартина Лютера (Германия) разработали программный комплекс для поиска таких мотивов. Его работа основана на том, что расположенные рядом участки ДНК, как правило, работают вместе. Поэтому распознавание пар мотивов позволит ученым предсказывать взаимодействия белков уже на этапе распознавания последовательности ДНК, а также исследовать роль этих взаимодействий в физиологических процессах. И, соответственно, сделает эксперименты дешевле.
"Метод позволяет по результатам лишь одного ChIP-seq эксперимента определить пары белков-регуляторов, работающих вместе, и описать соответствующие им участки связывания ДНК. <...> В традиционно существующих методах обработки отсутствует анализ перекрывания или требуется проводить множество дополнительных экспериментов", - рассказал "Науке в Сибири" один из авторов работы, старший научный сотрудник НГУ Виктор Левицкий.
Программа запатентована и готова к применению в практике. Ученые уверены, что их разработку могут использовать специалисты активно развивающейся области изучения белок-белковых взаимодействий на молекуле ДНК.
"Эксперименты в этой области дорогостоящие, поэтому наш алгоритм, обеспечивающий получение предварительных сведений о том, на какие белки стоит обратить внимание, будет востребован", - заключила еще один из авторов исследования, сотрудник ИЦиГ СО РАН Татьяна Меркулова.
