ТАСС, 8 апреля. //. Ученые из Санкт-Петербурга написали компьютерную программу, которая в пять раз быстрее аналогов подбирает перспективные вещества для борьбы с насекомыми-вредителями. Об этом пишет пресс-служба Российского научного фонда (РНФ) со ссылкой на научный журнал Toxins.
Сейчас одним из перспективных средств для борьбы с насекомыми-вредителями считаются вещества на основе Cry-токсинов – белков, которые синтезирует почвенная бактерия Bacillus thuringiensis. Попадая в кишечник насекомого, токсины "дырявят" его, что приводит к гибели организма. Cry-токсины пользуются высоким спросом, так как они безопасны для человека и других млекопитающих и не вредят окружающей среде.
Однако со временем насекомые все же приспосабливаются к подобным веществам. Поэтому ученые ищут более эффективные аналоги подобных соединений. Инструменты для поиска новых видов Cry-токсинов существовали и раньше, например, один из популярных – программа BtToxin_scanner – позволяет обрабатывать биологические последовательности, находя новые виды белков Cry. Но ее возможности ограничены: в веб-версию программы можно загрузить всего 16 мегабайт данных, и работает она только с уже расшифрованными геномами.
Сотрудники Всероссийского научно-исследовательского института сельскохозяйственной микробиологии (Санкт-Петербург) предложили альтернативную программу, которую они назвали CryProcessor. Пропускная способность нового инструмента гораздо выше, кроме того, он может сканировать необработанные геномные данные.
"Время обработки данных уменьшилось в пять раз. Максимальный объем в веб-версии составил 400 мегабайт – в 25 раз больше, чем у программы BtToxin_scanner. Увеличилась также и точность обработки данных: нам удалось исправить проблему фрагментированных сборок, когда программа получала лишь часть структуры токсина или не находила его вовсе. Удалось воплотить идею использования необработанных данных", – заключил один из авторов статьи Антон Шиков.
Разработчики решили сделать свой проект бесплатным – его код находится в открытом доступе, а также доступен в виде веб-приложения.