Человек густо заселен микроорганизмами. В нашем кишечнике живут грибки, вирусы, археи, но доминируют в нем бактерии, которые составляют около 2% массы тела человека. Роль микробиоты в здоровье человека велика: обитатели кишечника участвуют в обмене веществ, деятельности нервной системы и влияют на наше психическое здоровье. Поэтому знание о том, кто живет в кишечнике и что он там делает, имеет большую медицинскую ценность.
Читайте также: Чего от нас хотят микробы?
Сотрудники Института Сэнгера (названного так по имени нобелевского лауреата, создателя секвенирования) изучили образцы фекалий двадцати взрослых жителей Великобритании и США и отсеквенировали все, что смогли там найти. Метод секвенирования Сэнгера, самый тривиальный сейчас, ограничен участками длиной в 1000 нуклеотидов, поэтому исследователи использовали т.н. метод дробовика — подход в секвенировании, который позволяет обходить это ограничение. Метод дробовика выглядит так: вы делаете несколько копий интересующей вас цепочки ДНК, разбиваете их на фрагменты, а потом все их секвенируете. И затем «склеиваете» цепочку, опираясь на перекрывающиеся совпадения последовательностей нуклеотидов между фрагментами.
Анализ полученных данных позволил не только идентифицировать 200 видов бактерий, уже найденных ранее в кишечнике, но и добавить к ним еще 173 вида микробов, ранее не замеченных в составе человеческой микробиоты. Более того, 105 из них вообще не были известны науке прежде. Объединив свои результаты с данными предыдущих исследований человеческой микробиоты, ученые получили библиотеку из 530 видов, самый полную на сегодняшний день, и назвали ее HGG (Human Gastrointestinal Bacteria Genome Collection).
Как говорят ученые, их ресурс ускорит анализ микробиомов. «В конечном итоге это приведет нас к разработке новых методов диагностики и лечения таких заболеваний, как желудочно-кишечные расстройства, инфекции и иммунные состояния», — приводит слова ведущего автора статьи, Тревора Лоули, пресс-релиз Института Сэнгера.
Максим Абдулаев