Все новости
Из базы пропали уханьские геномы SARS-2. Их нашли.
Из базы пропали уханьские геномы SARS-2. Их нашли.
Из базы пропали уханьские геномы SARS-2. Их нашли.
Из базы пропали уханьские геномы SARS-2. Их нашли.
Из базы пропали уханьские геномы SARS-2. Их нашли.
Пандемия COVID-19

Из базы пропали уханьские геномы SARS-2. Их нашли. Главное о пандемии из зарубежных СМИ

© AP Photo/Mark Schiefelbein
В прошлом году исследователи из Уханя зачем-то попросили удалить из базы данных геномы коронавируса, которые они туда добавили. Это выглядит подозрительно, но не стоит торопиться с выводами. А ученые из США и Австралии нашли в ДНК человека признаки древней коронавирусной эпидемии. Об этом — в обзоре зарубежных СМИ

Американский вирусолог Джесси Блум, собираясь проверить выкладки из доклада миссии ВОЗ и китайских ученых, обнаружил, что из базы данных пропали несколько расшифрованных уханьских геномов SARS-CoV-2. Копии файлов с данными Блум нашел в облачном сервисе Google Cloud. Этот случай можно расценивать по-разному, пишут Science, Nature и The New York Times.

Джесси Блум хотел понять, как коронавирус распространялся после перехода на человека. Для этого ему понадобились ранние расшифрованные геномы SARS-CoV-2: вирус постоянно мутирует, и по крошечным различиям можно понять, что и когда с ним происходило. Помимо прочего, Блум воспользовался базой данных Национальных институтов здравоохранения (НИЗ) США, где большинство записей в первые месяцы получено из Уханьского университета (не путать с Уханьским институтом вирусологии, где изучают коронавирусы летучих мышей, — прим. ТАСС). Но их там не оказалось.

Геномы из этой базы нельзя удалить самостоятельно — для этого надо обратиться к администраторам. Когда статья Блума вышла на сайте с препринтами, пресс-секретарь НИЗ сообщила, что генетические последовательности были загружены в базу в марте 2020 года. Через три месяца те, кто это сделал, попросили их убрать во избежание путаницы, написав, что геномы обновлены и добавлены в другую базу. Но Блум не встречал их в "очевидных местах", хотя не исключает, что они хранятся еще где-то. Ученые из Уханьского университета, которые почти наверняка и расшифровали геномы, не ответили на письма ни Блуму, ни журналистам.

Тем не менее Блум нашел пропавшие расшифровки. Он заметил, что данные из базы НИЗ продублированы в облачных сервисах Google. В научной литературе перечислены индексы, которыми обозначены недостающие геномы, — Блум подставил их в адресную строку интернет-браузера. Это сработало.

Блум получил 13 частично расшифрованных геномов коронавируса. Похоже, некоторые образцы с вирусными частицами были собраны в феврале 2020 г. Про остальные Блум спросил у китайцев по электронной почте, но не получил ответ. Сопоставив найденные геномы с полученными на продуктовом рынке в Ухане (там была первая крупная вспышка в декабре 2019 года), Блум обнаружил, что они больше похожи на ближайших родственников SARS-CoV-2. По идее, должно быть наоборот, ведь чем больше проходит времени, тем дальше расходятся вирусы в ходе эволюции. Объяснить это можно тем, что в Ухане еще до вспышки на рынке циркулировали несколько линий вируса, и одна из них вообще не попала на этот рынок. Гипотеза не нова, а анализ Блума просто служит новым подтверждением.

В пропавших данных нет ничего сенсационного. Блум — критик доклада ВОЗ, в котором гипотеза о лабораторной утечке коронавируса фактически отвергнута без достаточных оснований, — признает, что полученная им информация не позволяет судить о происхождении SARS-CoV-2. Тем страннее, что геномы все-таки удалили из базы. Блум упомянул, что ранее китайские власти распорядились, что неавторизованные лаборатории уничтожили образцы коронавируса, и запретили публиковать без согласования научные статьи о SARS-CoV-2.

Правда, в прошлом июне китайцы опубликовали научную работу, в которой перечислены мутации из этих геномов. Доступ к информации был уже тогда. Другое дело, что эволюционные биологи скачивают данные для исследований именно в базах, а не собирают их по отдельным публикациям. Также из статьи китайцев неясно, зачем было убирать расшифровки. Впрочем, рукопись отправлена в журнал в мае 2020 года, то есть раньше, чем запрос на удаление из базы.

Возможно, самый интригующий вывод из этой истории — недостающие данные о первых месяцах пандемии можно добыть, не выходя из дома. Кто знает, вдруг на каких-нибудь серверах до сих пор хранится что-то важное.

Древняя коронавирусная эпидемия направила эволюцию человека?

Ученые сопоставили ДНК людей из разных стран и пришли к выводу, что 20–25 тыс. лет назад в Восточной Азии случилась эпидемия, которую вызвал корона- или родственный вирус. Об этом пишет The New York Times.  

Человека способны инфицировать семь коронавирусов. Три из них перекинулись на нас в последние 20 лет, а самый старый, вероятно, сделал это примерно 820 лет назад. Зачастую установить время можно только по косвенным данным. Например, если знать скорость мутации, можно определить, когда у вирусов из разных образцов был общий предок.

Но можно зайти с другой стороны и посмотреть на изменения в ДНК хозяина вируса, например человека. Опасные вирусы создают эволюционное давление — спасительная мутация передается следующим поколениям. В ответ меняется и сам вирус. Тогда у человека закрепляются другие полезные мутации. Следовательно, если у большой группы людей одни варианты генов встречаются чаще других, это может указывать на быструю эволюцию в прошлом.

Поиски таких вариаций и провели ученые из США и Австралии. Сравнивая 26 популяций с разных концов света, они смотрели, как у них отличаются гены, которые важны для успеха коронавирусов, но не других патогенов. У жителей Восточной Азии они нашли 42 гена, которые примерно в одно время, 900 поколений назад, попали под эволюционное давление и адаптировались. Вероятно, около 25 тыс. лет назад в тех краях появился коронавирус. В других регионах ничего подобного не нашли. Находка оказалась неожиданной, ведь в те времена в Восточной Азии люди жили маленькими группами охотников-собирателей, то есть совсем не так плотно, как теперь.

Ученым стоит присмотреться к этим 42 генам. Раз они важны, возможно, с их помощью удастся понять, как регулировать иммунный ответ и на другие коронавирусы, в том числе SARS-CoV-2. Это пригодилось бы при разработке лекарств.

Подготовил Марат Кузаев