ТАСС, 11 октября. Химики создали онлайн-редактор углеводов, благодаря которому можно будет проще изучать углеводные молекулы. Об этом пишет пресс-служба Института органической химии им. Зелинского (ИОХ) РАН. Статью с описанием разработки принял к публикации Journal of Chemical Information and Modeling.
Из-за огромного разнообразия и структурной сложности природных углеводов ученым для описания углеводных молекул не хватает формализованных средств, понятных как человеку, так и компьютерным программам и базам данных. До недавнего времени эта ситуация усугублялась отсутствием простых и доступных инструментов ввода углеводных структур и форматирования их для дальнейшей работы или использования в публикациях.
"Сотрудники Лаборатории углеводов и биоцидов ИОХ РАН разработали язык описания углеводов CSDB Linear, устраняющий недостатки других нотаций и объединяющий функциональную полноту, однозначность и машиночитаемость, способность обрабатывать структуры с неопределенностями, простоту освоения человеком", — говорится в сообщении.
Разработка, в частности, дает ученым новые возможности для работы с базой данных по структурам природных углеводов (Carbohydrate Structure Database, CSDB). Кроме того, химики смогут использовать новый редактор и для создания структур для последующей работы с ними в других программах, а также для подготовки иллюстраций для публикаций: от символических схем до атомно-координатных моделей.
Так, редактор позволяет визуально собирать сложные молекулы прямо в браузере, наглядно визуализирует их во множестве форматов, "на лету" генерирует структурные формулы, списки возможных изомеров, оптимизированные трехмерные модели, файлы для молекулярной динамики и другие данные. При этом интуитивно понятный интерфейс не требует от пользователя специфических компьютерных навыков, добавили в институте.